「仕方がないだろ。大義のためだ・・・」
自殺した理事官に対して尾形(堤真一)が発したその言葉に、猜疑心と困惑の色を浮かべ対峙する井上(岡田准一)。
あの出来事から1ヶ月。 東京の街は、何事も無かったかのように毎日が過ぎ、どこを見渡しても平和な日本の姿がある。
ただそのウラでは、日本という国家のシステムを根底から揺るがすようなテロが企てられていた・・・。 全ての脅威は、六本木の街から始まる——。
公安の目をかいくぐり、不穏な動きを見せる国家の要職を担うキャリア官僚たち。
その中には、与党幹事長・伊達(香川照之)の姿も含まれていた・・・。 相次ぐ脅威への過剰反応(シンクロ)に苛まれる井上。
さらにテロリストの魔の手は、笹本(真木よう子)・山本(松尾諭)・石田(神尾佑)ら第四係のメンバーにも襲い掛かることに・・・。
尾形の衝撃の発言の真意とは?彼は敵なのか、味方なのか? その真の目的とは—— そして遂に、井上と尾形は、あの惨劇の広場で向き合うことになる。
衝突する二つの運命の前に、日本を揺るがす巨大な陰謀が遂に動き出す。